Да, напълно автоматично всички електронни документи, издадени в ПАСОСС е-Фактуриране, могат да бъдат осчетоводени, посредством междинен файл за обмен на данни, който се създава с Генератор на счетоводни статии. Най-лесно това става, когато ползвате счетоводна програма от същия пакет (ПАСОСС-Счетоводство). В този случай получавате безплатно Генератор на счетоводни статии, настроен според вашите изисквания, сметкоплан и счетоводна политика. От системата за електронни фактури се генерира междинен файл за обмен на данни. В него за всеки издаден електронен документ са подготвени автоматично данни за нужните счетоводни статии, в които той се включва. Файлът се прочита от счетоводната програма и в базата се добавят подготвените автоматични счетоводни статии. Те не се различават от осчетоводените ръчно и са равнопоставени и достъпни за преглед, редакция и справки. Едновременно с осчетоводяването коректно се попълва и Дневник на продажбите, ако тази функция е активирана в ПАСОСС-Счетоводство.
Същото може да бъде направено за всяка друга счетоводна програма, която приема външни данни. Нужно е да закупите правото на ползване на модула Генератор на статии и да предоставите описание на формàта на междинния файл за обмен на данни и другите свои изисквания, съгласно които се настройва автоматичното генериране на счетоводни статии за издадените в ПАСОСС е-Фактуриране електронни документи.